В 1453 году Венеция официально так и не поддержала Константинополь. Хотя в сражении за Константинополь принимали участие многие граждане Венеции. Большинство из них погибло, защищая столицу Византии. Но схватка с турками была неизбежна. Ведь торговые интересы турок и венецианцев пересекались.
Поэтому уже в 1463 году начались конфликты между турками и венецианцами. Эти периодические стычки окончились в 1479 году, когда был заключен мир и венецианские торговцы вновь появились на турецких рынках. Эти столкновения были крайне неудачны для Венеции. Ведь в итоге республика потеряла свой торговый форпост Негропонте на острове Эвбея. Многие связывают начало падения республика именно с потерей этого форпоста. Но до краха республики было еще очень далеко.Хотя война Венеции с Турцией была успешной явно не для венецианцев.
Несмотря на перемирие, турки постепенно стали прибирать острова Эгейского моря, которые прежде контролировала Венеция. Причем в 1570 году турки добрались до важнейшей опорной точки Венеции – острова Кипр. А затем произошел унизительный захват Кипра турками в 1571 году. Причем турки содрали кожу с венецианского командующего, который вынес им ключ от города. Кроме того, были обезглавлены еще 300 венецианцев.
Это ужасающие известие достигло антитурецкой коалиции (Испания, Венеция и Генуя) всего за пару дней до столкновения с турками у Лепанто. Жаждущие мести солдаты 7 октября 1571 года сошлись в рукопашном бою с турками. Битва была чрезвычайно жестокой. Было убито 9 тысяч христиан и 30 тысяч турок. В плен христиане захватили порядка 8 тысяч турок и 117 галер, а 113 галер противника потопили. Нужно отметить, что флот христиан состоял из 208 галер.
Благодаря победе под Лепанто венецианцы воспряли духом. А Андреа Вичентино запечатлел эту блистательную победу в картине, которая украшала стены Дворца дожей. Но уже в 1573 году Венеции пришлось отказаться от своих притязаний на Кипр.
Следующая война между Оттоманской империей и Венецией произошла из-за острова Крит. В течение 20-ти лет турки не могли захватить столицу острова, но в 1669 году остров пал.
Но потери стратегически важных островов не уменьшили влияние Венеции в Греции. Так Священная лига под командованием Морозини захватила в 1685 году остров Санта-Маура, а затем и Корон, для захвата которого хватило лишь нескольких месяцев осады. С помощью немецких бомбардиров Венеции удалось захватить практически весь Пелопоннес, а в 1687 году Морозини повел венецианцев на штурм Афин. Во время штурма был уничтожен Парфенон. Весной 1688 года Морозини становится дожем, и продолжает совершать ратные подвиги уже в новой должности. Благодаря его военным талантам Венеция приобрела весь Пелопоннес, но Аттику ей пришлось вернуть.
Лишь в 1715 году турки смогли изгнать венецианцев из Пелопоннеса. К этому времени Морозини был уже мертв (умер в 1694 году). Но Ионические острова принадлежали Венеции до полного краха республики.